История образования Ассоциации началась сразу после 18 октября 1991 года – даты возобновления дипломатических отношений между Россией и Израилем, когда небольшая группа петербургской интеллигенции решила организовать общество «Санкт-Петербург-Израиль». Первым председателем был избран известный ученый–физик Никита Толстой. В 2000 году общество было зарегистрировано как региональная общественная организация «Ассоциация сотрудничества Санкт-Петербург-Израиль». Председатель Правления Ассоциации Наум Арьевич Беркович – доктор философских наук, профессор кафедры ЮНЕСКО Российского государственного педагогического университета имени А.И.Герцена.
Изначально основу Ассоциации составляло еврейское общество ветеранов и участников Великой Отечественной войны «Шолом». Затем в ее состав в качестве ассоциированных членов вошли: Санкт-Петербургский государственный университет культуры и искусств, Санкт-Петербургская государственная академия физической культуры имени П.Ф.Лесгафта, Санкт- Петербургский государственный университет сервиса и экономики, еврейское спортивное общество «Маккаби», школы 274 и 249, детские дома Адмиралтейского, Выборгского, Фрунзенского районов и другие организации города. Ассоциация установила и поддерживает активные связи с Комитетом по внешним связям Санкт-Петербурга, с Израильским культурным центром, Еврейским агентством в России «Сохнут» и с Генеральным консульством Государства Израиль в Санкт-Петербурге.
Основной целью Ассоциации «Санкт-Петербург-Израиль» является развитие и укрепление дружеских связей с общественными неправительственными организациями Государства Израиль в рамках народной дипломатии. Первой значительной инициативой в этом направлении стало письменное обращение в 2003 году к руководству города с просьбой об оказании содействия в установления партнерских отношений между Санкт-Петербургом и Хайфой – вторым по величине городом, крупнейшим морским портом, промышленным, культурным и университетским центром Израиля, который там называют «Северной столицей». В обращении особо отмечалось, что в Хайфе проживает много бывших ленинградцев петербуржцев, которые помнят и любят свой город и сохраняют с ним внутреннюю связь.
В 2005 году делегация Ассоциации посетила мэрию Хайфы, руководство которой поддержало эту инициативу. Затем состоялись обмены делегациями на уровне губернаторов городов, состоялось подписание Соглашения о сотрудничестве между Санкт-Петербургом и Хайфой. В 2009 году в Хайфе открылся Информационный деловой центр Санкт-Петербурга.
Важной составляющей деятельности Ассоциации является создание атмосферы взаимопонимания между жителями Санкт-Петербурга и Израиля вне зависимости от их национальности. Этому способствуют организация фото и художественных выставок, знакомящих петербуржцев с различными сторонами жизни израильтян, проведение вечеров, посвященных национальным праздникам Израиля и еврейским традициям в нашем городе, встреч с интересными людьми.
Большим вкладом в воспитание толерантности у молодого поколения служат выставки работ воспитанников детской студии искусств Натальи Воронцовой при благотворительном обществе «Ева»: «Памяти Холокоста», «По страницам дневника Анны Франк», «Израиль глазами детей», «Алла Айзеншарф. Стихи из гетто»; конкурсы детского творчества на тему «Привет из Санкт-Петербурга израильскому другу – Шалом!»
Члены Ассоциации принимают активное участие в международных встречах и конференциях, посвященных проблемам Ближнего Востока, роли России в урегулировании арабо-израильского конфликта.
Начиная с 2009 года, в один из дней Хануки – «праздника неугасимого огня надежды и веры» Ассоциация проводит награждение петербуржцев, внесших значительный вклад в укрепление связей между Санкт-Петербургом и Израилем. Среди них – писатели и ученые, деятели культуры, выдающиеся спортсмены и журналисты.
Председатель Правления Ассоциации сотрудничества «Санкт-Петербург-Израиль» Н.А.Беркович выступил с инициативой закладки капсулы с землей с Пискаревского мемориального кладбища в основание памятника жителям блокадного Ленинграда в Иерусалиме. Инициатива была поддержана руководством города и реализована. В церемонии открытия памятника «Свеча памяти» 27 января 2020 года принял участие член Ассоциации «Санкт-Петербург-Израиль», член общественной организации «Евреи участники и ветераны Великой Отечественной войны», мастер спорта международного класса, капитан сборной ветеранов баскетбола Регент Семен Моисеевич.